Während der Domestikation gibt es im Prinzip 2 "Arten" von Genveränderungen; einmal natürlich die durch bewusste Zucht - also z.B. die Punkte bei den Dalmatinern. Die zweite "Art" von Veränderungen ist die, die nicht bewusst durch Zucht beeinflusst wird sondern alleine dadurch, daß sich ein Tier an die Nähe des Menschen, an das Leben mit dem Menschen und an die Nutzung durch den Menschen anpasst. Nicht jede Veränderung wird bewusst gezüchtet - so gehen z.B. auch Verhaltensänderungen mit der Domestikation einher oder der Verlust gewisser Instinkte, auch ohne daß das bewusst gezüchtet würde, das "passiert" einfach, weil sich die Lebensumstände der Tiere ändern.
Gleiches ist übrigens auch mit uns Menschen passiert, auch wir sehen ja jetzt ganz anders aus, gehen anders, bewegen uns anders, ernähren uns anders als unsere Vorfahren vor einigen tausend Jahren. Die Menschen damals haben nicht bewusst "entschieden", daß sie sich bewusst auf ein Ziel hin - unser heutiges Erscheinungsbild - fortpflanzen, das ist einfach passiert durch die Anpassung an die sich verändernde Umwelt.
Wie die Punkte auf den Dalmatinern genau entstanden sind bzw. wie sie herausgezüchtet wurden, dazu müsste dir ein Biologe mehr sagen können, der sich mit dem Erbgut von Dalmatinern auskennt

ich kann nur allgemein sagen, daß Farbveränderungen in erster Linie auf Mutationen beruhen, also auf Zufällen. Wenn man dann gezielt diese Tiere verpaart, die diese Mutationen im Erbgut tragen, steigt natürlich die Wahrscheinlichkeit, daß auch alle ihre Nachkommen, dieses veränderte Erbgut tragen, und die vererben es wiederum weiter.
Genauso werden nicht nur Fellfarben, sondern auch Unterschiede in der Größe, dem Körperbau etc. gezüchtet. Der Ursprung all dieser Dinge liegt ganz zu Beginn einer Rassezucht also immer in einem Zufall begründet: gewisse Teile des Erbguts haben sich zufällig verändert, und diese Veränderung wurde durch gezielte Zucht weiter gefördert.
Der Unterschied zur Gentechnik besteht genau darin, daß diese Mutationen zufällig passiert sind. Wenn man nun das Erbgut und seine Funktionen und Interaktionen genau kennt, könnte man - das ist das Ziel der Gentechnik - solche Veränderungen gezielt herbeiführen.
Das Problem dabei ist, daß das gesamte Erbgut eine sehr, sehr komplexe Angelegenheit ist; niemand kann bisher mit Sicherheit sagen, was passiert, wenn man einen kleinen Teil verändert, und ob das nicht auch noch Auswirkungen auf ganz andere Dinge hat als die beabsichtigten. So könnte es z.B. sein, daß man eigentlich nur die Punkte eines Dalmatiners verändern möchte, aber versehentlich damit auch die Funktionsfähigkeit seiner Nieren beeinträchtigt (nur mal als hypothethisches Beispiel), und genau darin liegt die Gefahr.
Das Problem dabei ist eigentlich immer dasselbe: man kann es nur herausfinden, indem man es ausprobiert, aber wenn die Gefahr besteht, daß man eher schadet als nutzt, stellt sich eben die Frage, ob man das Risiko eingehen sollte oder kann, ob der erhoffte Vorteil tatsächlich so groß wäre, daß sie Risiken rechtfertigen würden.
(Ähnliches gilt meines Erachtens aber auch bei "traditioneller" Zucht, auch hier rechtfertigt nicht jedes Zuchtziel jedes Risiko; bei Ratten und Meerschweinchen gibt es z.B. Fellfarben, die, wenn beide Elternteile sie haben und verpaart werden, dazu führen, daß die Nachkommen mit hoher Wahrscheinlichkeit gesundheitliche Schäden davontragen oder aber gar nicht lebensfähig sind. Die Zucht solcher Fellfarben, nur weil der Mensch sie schön findet, finde ich daher nicht gerechtfertigt.)
Hinzu kommen dann, neben den "wissenschaftlichen" Bedenken, die man gegen solche Genveränderungen vorbringen kann, noch ethisch-moralisch-religiöse Bedenken, je nachdem, aus welcher Denk- oder Glaubensrichtung jemand kommt, der Gentechnik kritisiert.