Normalerweise reicht es, wenn der Käfig samt Einrichtung dann wieder saubergemacht wird, wenn der Hamster neue Tropfen in den Nacken bekommt. Alle Milben, die an den Hamster gehen, sterben, sie vermehren sich also nicht weiter. Alle anderen können zwar lange überleben und sich leider auch außerhalb des Aquas verbreiten (darauf würde ich aufpassen), aber spätestens nach der zweiten, wirklich gründlichen Reinigung wird man die Milben meist los. Bactazol o. Ä. ist für den Käfig ganz gut, fürs Zimmer kann es auch ein anderes Mittel sein, falls überhaupt nötig.
Ich würde einfach etwas weniger als üblich einstreuen, damit das Reinigen einfacher ist. Da so schnell wieder Milben zu sehen waren - hast du Heu und Futter kontrolliert? Gerade über Heu schleppt man sich die Tiere häufig ein.