Dann mal alles auf Null und wieder von vorne.
Ich gehe mal davon aus, dass du auch tagsüber mal kurz in die obere Etage verschwindest und deine Maus dann nicht direkt Theater macht. Diesen Umstand kannst du dir zunutze machen und tagsüber Rituale einführen. Leg ihr, jedesmal wenn du kurz hoch gehst (am besten auch bei noch so kleinen Abstechern), immer ein Leckerchen auf ihre Decke. Die Ration an Leckerchen kannst du von ihrem Futter abziehen oder gleich Trockenfutter nehmen. So lernt dein Hund, dass immer, wenns Leckerchen gibt, du kurz oben bist, aber auch schnell wieder zurück sein wirst. Sitzt diese Verknüpfung, weitest du das Ritual auf abends aus. Also Leckerchen, kurz hoch und wieder zurück kommen. Die Zeitabstände kannst du allmählich ausweiten. Wichtig ist, dass dein Hund sich irgendwann ganz sicher ist, dass du auch wiederkommst, wenn du hoch gehst. Diese Sicherheit hat dein Hund momentan halt nachts noch nicht, kommt aber mit der Zeit (womöglich allerdings mit ner Menge Zeit, doch darauf bist du ja eingestellt).
Sollte die Angst in der Dunkelheit begründet sein, dann versuchs mal mit einem Nachtlicht in Flur oder Wohnzimmer. Das kann durchaus schon ausreichen, um dem Hund ein wenig die Angst zu nehmen. Wie gesagt, Hunde und Kinder unterscheiden sich da nicht großartig.
Zu eurem Autofahrproblem gilt eigentlich dieselbe Taktik: kleine Schritte machen. Zuerst kommt der Hund in den Kofferraum (ich nehme an, ihr habt einen Kombi und keine Limousine, sonst gibts Schimpfe

), Kofferraumklappe zu, wieder auf, dann gibts Lob und Leckerchen, wenn der Hund ruhig ist. Die nächste Stufe wird dann sein, dass der Hund im Kofferraum ist und ihr sitzt mit im Auto. Wieder passiert nicht mehr, ihr sitzt nur mit drin und gut. Klappt das auch, kann man mal den Motor starten und irgendwann kann man dann auch mal die berühmte Runde um den Block machen. Auch hier gilt wieder das Prinzip, dass du dem Hund die Zeit lässt, die er braucht. Ist der Hund ruhig, kommt das Lob; macht er Theater, weißt du, dass er noch nicht so weit ist und gehst wieder einen Trainingsschritt zurück.
In diesem Zusammenhang kommt noch ein Wort zur Box. Richtig und langsam näher gebracht, kann euer Hund die Box durchaus lieben. Ok, ich bin ein absoluter Gegner, diese Box einfach mal zu schließen, denn ein gut sozialisierter Hund wird dies nicht nötig haben. Außer... und hier sind wir wieder beim Autofahren... wenn ihr mit dem Hund unterwegs seid. Bei der Gewöhnung ans Auto kann die Box natürlich helfen, sofern euer Hund sie bereits als seine Höhle akzeptiert, denn mit der Box befindet sich dann auch sein Stammplatz im Kofferraum, das vertraute Gefühl ist also schon gegeben. Zudem ist der Transport eines Hundes in einer gut sitzenden und/oder gesicherten Box die mit Abstand sicherste Variante des Hundetransports. Wichtig ist allerdings noch, dass einmal Kofferraum auch immer Kofferraum bedeuten sollte. Macht man nur eine Ausnahme, kann man unter Umständen mit dem ganzen Training quasi wieder bei Null anfangen. Konsequenz ist in der Hundeerziehung eines der ganz großen Zauberwörter.
Da hier von dir mit keinem Wort die mangelnde Stubenreinheit angesprochen wird, nehme ich mal an, dass die Maus dies bereits nahezu perfekt kann. Somit habt ihr einen Hund, der sehr schnell ein Bewusstsein für seine Blase entwickelt hat, dafür aber in den anderen beiden Punkten etwas länger braucht. Sieh es positiv, denn es gibt Welpen, die lieben zwar das Autofahren, brauchen aber dagegen bis zu einem halben Jahr, um stubenrein zu werden; somit seid ihr da schon ganz weit vorne.